あと払い (ペイディ)を自社サイトに導入するかしないかを、販売事業者側で選択しなければいけませんか？

いいえ。Amazon PayをCV2で導入されている販売事業者様はすべて、Amazon Pay側の仕様で一括してあと払い (ペイディ)を支払い方法と選択できるようになります。
（2022年12月7日現在）