注文時にはAmazonギフトカードとクレジットカードの併用で購入できたのに、あとからクレジットカードにだけ請求されました。なぜですか？

Amazonギフトカード利用分は注文確定時に差し引きされますが、注文から30日以内に販売事業者が請求を行わない場合、注文確定時に差し引きしたギフトカード残高は一旦返金されます。
30日経過後に販売事業者が請求を行ったタイミングでギフトカード残高が不足していて、且つ有効なクレジットカードが登録されていた場合、このケースが発生します。